همه انواع سر درد ممکن است در تشخیص افتراقی میگرن قرار گیرند ولی همیشه باید موارد زیر را در نظر داشت:

*سینوزیت حاد چرکی

*گلوکوم

*منتژیت باکتریال

*خونریزی زیر عنکبوتیه

*فعوکروموسیتوما

*ناهنجاری رگهای مغز(AVM)

*بیماری پر فشاری خون

*سر درد های پس از استرس و تمرکز فکری

*ایسکمی زودگذر مغزی(TIA) و صرع لب گیج گاهی (TLE)

*تومر های مغزی

*سر درد های خو شه ای(سلطان زاده،۱۳۸۳).

۲-۲-۸٫فرضیه های مرتبط با میگرن

۲-۲-۸-۱٫فرضیه عروقی میگرن:

سال ها عقیده بر این بود که مرحله سردرد حملات در اثر وازودیلاتاسیون خارج جمجمه ای و  نشانه های عصبی آن به وسیله وازوکنستریکسیون داخل جمجمه ای ایجاد می شوند. مطالعات به عمل آمده درباره جریان خون مغز نشان داده اند که در طول حملات میگرن کلاسیک کاهش پرفیوژن خفیفی وجود دارد که از کورتکس بینایی آغاز می شود و با سرعت ۲ تا ۳ میلی لیتر در دقیقه به جلو گسترش می یابد. کاهش در جریان خون به طور متوسط به ۲۵ تا ۳۰ درصد می رسد (این مقدار برای توجیه نشانه های بیماری براساس ایکمی ناکافی است) و به صورت موجی و مستقل از توپوگرافی شریان های مغزی به سمت قدامی پیشرفت می کند. موج هیپوپرفیوژن به مدت ۴ تا ۶ ساعت پایدار می ماند و به نظر می رسد که پیچ و تاب های قشر مغز را دنبال می کند و شیار مرکزی یا جانبی را قطع نمی نماید و از طریق اینسولا، لوب فرونتال را طی می کند. پرفیوژن ساختمان های زیر قشری طبیعی است. نشانه های عصبی سمت مقابل در خلال هیپوپرفیوژن تمپوروپاریتال دیده می شوند؛ گاهی هیپوپرفیوژن در این نواحی بعد از قطع نشانه ها باقی می ماند. اغلب با شروع مرحله سردرد، گسترش فرونتال ادامه می یابد. در تعداد کمی از بیماران مبتلا به میگرن کلاسیک اختلالات جریان خون وجود ندارد؛ گاهی ایسکمی کانونی به حدی می رسد که موجب ایسکمی کانونی برای بروز نشانه های کانونی الزامی باشد.

توانایی القای نشانه های میگرن به وسیله این تغییرات مورد سوال بوده است. به طور اختصاصی، به نظر نمی رسد کاهش جریان خون مشاهده شده به حدی باشد که موجب بروز نشانه های عصبی کانونی شود. در ثانی، افزایش جریان جریان خون به خودی خود دردناک نیست و اتساع عروقی تنها،  نمی تواند عامل ادم موضعی و حساسیت کانونی که اغلب در افراد مبتلا به میگرن ایجاد می شود باشد. علاوه بر این، در میگرن بدون اورا، اختلالات جریان خون معمولاً دیده نمی شوند. بنابراین احتمال اینکه انقباض و اتساع عروقی ساده، اختلال فیزیوپاتولوژیک اساسی میگرن باشند وجود ندارد. با وجود این واضح است که جریان خون مغز در خلال حملات میگرن تغییر می یابد و این تغییرات ممکن است برخی از علایم بالینی میگرن ولی نه همه آنها را توجیه نمایند.(هاریسون ،۱۳۹۰).

۲-۲-۸-۲٫فرضیه عصبی میگرن:

طیف سنگری (تقویت شونده) نوعی اورای میگرنی است که با اسکوتوم (نقطه کور) بینایی تدریجاً بزرگ شونده توأم با لبه های درخشان مشخص می شود. عقیده بر این است که طیف مزبور در نتیجه تضعیف منتشر شونده ایجاد می شود که عبارت است از تضعیف آزادکننده پتاسیم فعالیت قشر مغز با حرکت آهسته (۲ تا ۳ میلی لیرت در دقیقه). قبل از تضعیف مزبور، نمای موجی افزایش فعالیت متابولیک ایجاد می شود. تضعیف منتشر شونده می تواند در اثر انواع تحریک های تجربی، شامل هیپوکسی، ضربه مکانیکی و استفاده موضعی از پتاسیم تولید شود. این مشاهدات حاکی از آن هستند که ناهنجاری های عصبی می توانند موجب حمله میگرن شوند(لی،برونر[۱]،۲۰۰۹).

مطالعات به عمل آمده با اسکن توموگرافی گسیل پوزیتون (PET) نشان داده اند که ساختمان های مغز میانی نزدیک به رافه پشتی در خلال حمله میگرن فعال می شوند. در یک مطالعه بر روی میگرن حاد، تزریق سوماترتیپان موجب تسکین سردرد شد ولی تغییرات ساقه مغز مشاهده شده در اسکن PET فرقی نکردند. این اطلاعات حاکی از آن هستند که ممکن است یک «مولد (ژنراتور) ساقه مغز» عامل میگرن باشد و داروهای خاص ضد میگرن با روند پاتوژیک زمینه ای میگرن تداخل ننمایند(مک گرگور[۲]،۲۰۱۰).

۲-۲-۹٫سیستم عروقی تری ژمینال در میگرن:

فعال شدن سلول های واقع در هسته کودالیس تری ژمینال بصل النخاع (که مرکز پردازشگر درد ناحیه سر و صورت است) منجر به آزاد شدن نوروپپتیدهای فعال کننده عروق،